在口袋妖怪火红版本中，玩家将一周目的道馆全部都打完，就能来到二周目中了。二周目开始时与一周目的苏醒位置相同，同样是在主角的家中醒来，但剧情不完全一样。此时大木博士会来到我们的家中，询问之前的图鉴收集的如何了。如果玩家获取的宝可梦数量超过六十种以上，他就会将我们把图鉴升级成世界级别图鉴，可以去捕捉更多的隐藏宝可梦。如果玩家捕捉的宝可梦没有捕捉到该数量，就要先去捕捉没有抓过的宝可梦，确保数量达到后再去找博士。
玩家去挑战四大天王的时候，会有人告诉我们冰王出门去玩了，暂时不能继续去打了。此时玩家也要放松一下心情，前往罗普号里来场海上旅行。路线是从枯叶市乘坐船只来到一号岛，在岛屿上与网络中心的npc对话，便知道想要运行系统还需要一颗红色的宝石。接着玩家就要去码头的木桥上冲浪，就能来到珍宝的海岸，使用特定的检测器，可以在沙滩上发现许多隐藏的道具。玩家从一号岛往右边采用冲浪技能，就能踏上一道光辉之路，当玩家来到道路上便会发现一个洞穴。等玩家走进到洞穴后，便能看到一个散发着灯光的温泉，玩家泡入到温泉中，就能恢复生命值与能量点。
我们与洞穴上方的爷爷谈话，他就与我们进入到一段剧情中，并赠送我们一个碎岩。玩家继续往上面走，采用冲浪的技能就能来到火山地点，等走到山坡上后，再往左边的山洞里走过去，一直晚上走。当玩家来到山坡的顶层，再推动石头，便能见到一只火焰鸟。火焰鸟是二周目中才会出现的隐藏神兽，玩家需要利用宝可梦将其打成残血，再利用稀有精灵球进行捕捉。等下山之后，玩家就要往右边走，可以看见有两个npc在守着一个洞穴。玩家将两个守卫打败，就能进入到洞穴中，在最深处便能看到一颗红色的宝石。
等我们来到网络中心，将之前得到的红宝石交给npc，他就会再给我们一颗蓝色的宝石，还会给我们一张船票。该船票可以让我们前往到七号岛屿中，该岛屿是二周目的隐藏地点。接着玩家就要拿着船票乘坐船只来到七号岛中，在岛屿上有个训练师塔，玩家可以在此时进行挑战。该塔内有很多个训练师，每个训练师都非常强大，玩家可以与每个npc进行挑战。等我们从七号岛的桥上走下来，来到一个山谷中，穿过山谷便能看到一片废墟。废墟内有七个横向物体，如果玩家直接走进去，就能什么都没有发现。走出废墟会看到一个洞穴，进去后用奇怪力量将石头推入洞穴中，一个未知的图腾就会出现在遗迹之中。在该地点玩家会发现三神鸟，闪电鸟在无人发电厂，冷冻鸟在双子岛上，在碎岩道路上会发现高级等的超梦。
