房间布局与功能设计是游戏核心玩法之一。避难所内共有23种不同功能的房间，每种房间占据2格空间，电梯则占据1格。除第一层仅有16格外，其他楼层均为18格空间。最合理的房间组合方式是将3个相同房间合并为一个大房间，这种布局能显著提升生产效率并降低升级成本。电力、净水厂和餐厅是基础资源生产房间，其中电力需求高于其他资源，建议优先建设更多发电设施。住宅区需保证两个3合1的大房间以满足人口增长需求。
生产类房间包括发电站、净水厂和餐厅等，其运作效率取决于居民对应的SPECIAL属性总和。例如发电站需要高力量(S)属性居民，水处理厂需要高感知(P)属性居民。训练类房间可提升居民特定属性，如举重房提升力量，教室提升智力。功能类房间如医务室生产治疗针，科学实验室生产消辐宁。核子可乐装瓶室是特殊设施，能同时生产食物和水资源。房间升级可提高产出效率，但需注意升级后的训练房可能引来辐射蝎子等更强敌人。
避难所大门作为第一道防线，建议配备高属性居民和强力武器。相同类型房间相邻布局不仅便于管理，还能形成联动防御体系。当灾害发生时，如火灾或虫害，需及时调配人员处理，否则灾情会蔓延至相邻房间。极速模式可临时提升生产效率，但失败会导致灾害事件。合理利用巧手先生机器人可自动收集资源，但需避免其参与战斗，因其无法使用治疗针且复活成本较高。
后期布局应考虑将培训室与工作间就近安排，减少人员调配时间。建议将电力设施集中布置在底层，其他资源生产房间分层规划。起居室通常设置在右侧区域，培训室则适合放在左侧中层位置。每层最合理的空间分配为2个大房间、1个中房间和1部电梯。这种布局既保证了生产效率，也便于应对突发事件。储藏室容量与装备工坊等辅助设施的数量需根据人口规模相应调整。
