在口袋妖怪这个游戏中，游戏想要通关就得需要知道游戏里有哪些机关和规则，当你通过前面一关后，会有木木博士前来跟你见面，然后询问你抓到的精灵都是多少等级的。
这个副本的精灵种类需要达到五十个，当你的种类达到五十个以后木木博士就会给你分发1、2、3、4号的船票，这些全都是岛屿的船票，这样你就有了上岛的资格。如果你的精灵种类没有达到五十个数量的话，可以先前往精灵园抓捕到足够数量的精灵后再回到研究所寻找木木博士也是可以拿到船票的，当你拿到船票的那一刻你就能开启游戏的新篇章，来到三之岛的副本地图里。当你把地图全新升级后，停留在外面的四个BOSS就可以不需要打了，你是可以继续前进的，游戏开局我们会在一个码头上，然后需要登船，登船把一号的船票拿出来，船的终点是磨基山岛，在磨基山岛里有一个机器人npc，你需要和机器人进行对话，询问它红色宝石的下落，机器人会给你说一个模糊的地址，你需要根据地址继续前进，这时你会来到一个火山口，里面正爆发着熊熊烈火，滚烫的岩浆翻涌而来，你要找的就是站在火山口正中间的那两个队员，他们两人正在交谈，你需要躲在旁边听他们在说什么话，然后提取到重要信息。他们会把第一个暗号说出来，接下来就会发现你的身影，然后就想要转身就走，你需要拦住他们，让他们说出第二个暗号，如果他们不说的话，你需要跟他们决斗，只要赢了他们就会告诉你暗号是什么。
最后红宝石隐藏的地方在山洞内，你需要在火山山洞里寻找红宝石的下落，红宝石会在进山洞的右边的土地里埋着，宝石放进包里后折返回去和机器人交谈，剧情可以直接跳过，最后机器人会给你一张七岛的船票，揣上船票我们继续坐4号岛的船，上岛之后发现山洞是被封住的，你需要想办法把山洞打开，因为蓝宝石就隐藏在山洞底部，获取宝石后再重新回到机器人那里，把蓝宝石交给它，接下来你要去2号岛，岛上有很多你的敌人，你需要把它们全部打败，打败完后直接前往木屋拿上灰色宝石，所有宝石全部收集完毕后游戏就能通关了。
